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EC・ネットショップ運営者が使える補助金4選【2026年度版】広告費・サイト改修・出荷自動化まで

2026-06-11 更新 / 補助金かんたん診断 編集部

EC・ネットショップは個人でも始められる一方、「広告費が利益を食う」「受注処理に追われて成長施策に手が回らない」という壁に多くの運営者がぶつかります。

その壁を越えるための投資——広告、システム、商品開発、物流——には、実は補助金が使えます。ECは実店舗がなくても対象になる制度がほとんどです。この記事では、EC運営者が使いやすい補助金を4つ紹介します。

① サイト改修・広告・展示会出展なら「小規模事業者持続化補助金」

ECサイトのリニューアル、商品撮影、ネット広告、リアル展示会への出展など、売上を伸ばすための経費を幅広くカバーする定番補助金です。従業員5人以下(製造小売を兼ねるなら20人以下)のEC事業者・個人事業主が対象になります。

注意点として、Webサイト関連費(サイト改修・広告含む)は補助額の1/4が上限です。展示会出展や商品開発など他の経費と組み合わせて申請するのがコツです。

この補助金の詳細

小規模事業者持続化補助金

最大 250万円 / 補助率 2/3(賃金引上げ特例の赤字事業者は3/4)

② 在庫管理・受注管理・一元管理システムなら「デジタル化・AI導入補助金」

複数モールの受注を一元管理するシステム、在庫連携ツール、会計ソフトとの連携など、EC運営のバックヤード効率化ツールが補助対象です。AIによる需要予測や商品説明文の生成ツールなど、AI系ツールの登録も増えています。

「受注処理に毎日2時間」が「ほぼ自動」になれば、その時間を商品開発やマーケティングに回せます。月額課金のクラウドツールは利用料最大2年分が対象です。

この補助金の詳細

デジタル化・AI導入補助金2026(旧 IT導入補助金)

最大 450万円 / 補助率 最大3/4(小規模事業者は一部4/5)

③ オリジナル商品の開発・製造設備なら「新事業進出・ものづくり補助金」

仕入れ販売から自社ブランド(D2C)への転換は、EC事業の利益率を大きく変える一手です。自社商品の製造設備、試作開発、パッケージ設計などの投資には、2026年度に再編された「新事業進出・ものづくり補助金」が使えます。

「他社商品の転売」から「自社開発商品の製造販売」への展開は、革新性を示しやすく事業計画も書きやすいパターンです。

この補助金の詳細

新事業進出・ものづくり補助金(旧 ものづくり補助金)

最大 4,000万円 / 補助率 1/2(小規模事業者等は2/3)

④ 梱包・出荷作業の自動化なら「中小企業省力化投資補助金」

出荷件数が増えてきたECにとって、梱包・ラベル貼り・ピッキングは最大のボトルネックです。自動梱包機、ラベル自動貼付機、倉庫内の搬送自動化などの省人化設備がこの補助金の対象になります。

「人を増やさずに出荷能力を2倍に」という投資は、人手不足対応という制度趣旨にも合致しやすく、申請理由を組み立てやすいはずです。

この補助金の詳細

中小企業省力化投資補助金

最大 1億円 / 補助率 1/2以内(小規模事業者等は引上げあり)

まとめ

EC運営では「集客・サイト改修なら持続化補助金」「バックヤード効率化ならデジタル化・AI導入補助金」「D2C転換ならものづくり補助金」「出荷自動化なら省力化投資補助金」と、事業フェーズに応じて使う制度が変わります。

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